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Europe - 12 mai 2021

Lituanie> Covid-19 : ce que l’on sait du nouveau variant détecté en Lituanie

Des chercheurs lituaniens affirment avoir séquencé un nouveau variant, originaire d’Afrique centrale et déjà présent sur le sol français. Ce variant présenterait la mutation E484K, permettant l’échappement immunitaire.

Un variant de plus détecté. Après les variants britannique, sud-africain, indien, ou encore brésiliens, des chercheurs lituaniens affirment avoir détecté un nouveau variant, originaire d’Afrique centrale et qui serait présent en France, écrivent-ils dans une étude qui doit encore être revue par d’autres scientifiques avant d’être approuvée.

Le B.1.620, du nom de ce variant, a la particularité de présenter la mutation E484K, qui peut contribuer à un échappement aux anticorps, autrement dit à résister en partie aux vaccins ou à l’immunité naturelle due à une infection.

Un cluster en Île-de-France

Le B.1.620 “semble progresser en Europe depuis mi-mars, notamment en Lituanie, France et Allemagne. Il a été détecté dans le cadre d’un cluster en Ile-de-France”, écrivait Santé Publique France le 5 mai dernier. Pour autant, “aucun impact en santé publique n’est démontré à ce jour”, poursuit Spf dans son analyse de risque liée aux variants émergents.

Selon le rapport de Spf, 151 séquences ont été rapportés dans la base de données Gisaid, dont 113 en Europe. Gisaid permet aux chercheurs du monde entier de publier les séquences du virus qu’ils identifient. Il existe trois catégories pour les variants : les variants préoccupants, dont les variants anglais et brésiliens, les variants à suivre et les variants en cours d’évaluation, catégorie dont fait partie le B.1.620.

La même mutation que les variants brésiliens et sud-africain

D’autres variants présentent également cette mutation E484K, comme le variant P1 brésilien, mais aussi le variant sud-africain, dont la proportion parmi les variants ne cesse de croître en Ile-de-France.

Des variants qui ne cessent d’apparaître car plus le virus circule, plus il lui est donné de possibilités de muter. Ce qui explique notamment pourquoi les variants les plus préoccupants sont originaires des pays où le virus a le plus circulé : le Brésil et la Grande-Bretagne notamment.

Covid-19 : comment naît un variant ?

Après avoir détecté ce variant sur leur sol, les chercheurs lituaniens ont cherché dans la structure Gisaid quels étaient les autres pays présentaient des cas avec des mutations similaires : E484K, S477N et 69del.

Plusieurs cas en Europe

La base de données montre que des cas du variant B.1.620 ont été enregistrés en France, Belgique, Suisse, Allemagne et Royaume-Uni. Les chercheurs poursuivent leur enquête et identifient le cas d’un Français récemment revenu du Cameroun.

Si la mutation E484K amoindri l’efficacité du vaccin AstraZeneca contre les formes légères et moyennes due au variant sud-africain, d’autres vaccins semblent rester efficaces face aux autres variants qui possèdent cette mutation. Difficile donc pour l’instant de savoir quel degré d’importance accorder à ce nouveau variant.

Originaire d’Afrique centrale ?

En poursuivant leur enquête, écrivent les auteurs de l’étude consacrée à ce nouveau variant, les indices montrent qu’il pourrait être originaire d’Afrique centrale, alors que plusieurs des malades revenaient du Cameroun.

L’inquiétude autour de la situation sur place

Mais au-delà de l’inquiétude propre au variant, les chercheurs lituaniens explique qu’ils redoutent une situation bien plus complexe. En cause ? L’absence de séquençage dans de nombreux pays, dont une grande partie de l’Afrique.  

“Et si B.1.620 était la partie émergée de l’iceberg ? Les organisations internationales ne fournissent pas suffisamment de séquençage et de vaccins aux pays qui ne peuvent pas obtenir les leurs. Si vous ne séquencez pas, vous ne saurez jamais et tout le monde perd. Un séquençage en cours limité nous a déjà donné le ‘variant tanzanien’, A.23.1 et maintenant B.1.620. Qu’y a-t-il d’autre là-bas?”, s’inquiètent-ils.

En clair, en l’absence de séquençage, impossible de surveiller l’éventuelle émergence d’un variant. C’est le séquençage qui a permis aux Britanniques de voir apparaître le variant B.1.1.7 fin 2020 dans leur pays.

Pour faire face au manque de vaccins dans ces pays, l’Organisation mondiale de la Santé a mis en place le dispositif Covax, censé essayer d’assurer un accès équitable aux vaccins dans le monde. La France a par exemple annoncé attribuer plus de 5% de ses doses de vaccins au dispositif.

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